Selon l'IUCN, à La Réunion, "plus d’un tiers des espèces d’oiseaux sont menacées ou ont déjà disparu. Les reptiles terrestres sont menacés, ainsi que 14% des papillons de jour, 21% des libellules et demoiselles et 33% des poissons d’eau douce de l’île". Le dernier bilan complet sur le sujet, établi en 2010, indique ainsi que le gecko vert de Bourbon est classé "en dnger", victime notamment de la dégradation de la forêt. Côté papillons, c'est le salamide d'Augustine qui est menacé, "en danger critique" à cause de la raréfaction de son aliment principal, le bois d'ortie. Les poissons et crustacés d'eau douce sont aussi menacés, à cause de la surpêche : c'est le cas de la chevrette australe (crevette) ou de l'anguille du Mozambique. L'urbanisation du littoral menace également la baleine à bosse ou la tortue verte, "respectivement classées vulnérables et en danger" indique l'IUCN.

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A noter que des baleines bleues commencent à nouveau à être observées près de nos côtes (deux observations exceptionnelles en 2022), des mammifères marins qui sont aussi classés "en danger".

Sur la liste rouge de La Réunion, on trouve les roussettes noires (des chauve-souris), le gecko de Manapany, la tortue caret ou encore le Pétrel noir de Bourbon.

En-dehors de la faune, l'état des coraux est lui aussi préoccupant et dans tout l'océan Indien. Une étude plus récente datant de 2020 fait part d'une nouvelle étude : 15% des espèces de corail sont menacées à La Réunion, 12% à Mayotte et 6% dans les îles Eparses.

Ailleurs dans les Outre-mer, 16% des mammifères marins sont menacés en Guyane, 47% des reptiles et 28% des mollusques en Martinique. "Pour la flore, les menaces de disparition concernent par exemple 15% des plantes vasculaires indigènes de Guadeloupe et 30% à La Réunion" précise l'IUCN.

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A noter que la France fait figure de mauvais élève et fait partie des "10 pays hébergeant le plus grand nombre d’espèces menacées" : au total, 1.889 espèces menacées au niveau mondial sont recensées sur le territoire français, en Métropole comme dans les Outre-mer.

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